Tệp ngân hàng dữ liệu protein (PDB) là định dạng tệp được sử dụng để lưu trữ dữ liệu sinh học ba chiều. Các tệp PDB thường được sử dụng để lưu trữ dữ liệu về protein, axit nucleic và các phân tử sinh học khác. Các tệp PDB có thể được xem theo nhiều cách khác nhau, bao gồm thông qua phần mềm như PyMOL và VMD. Trong Windows 11, bạn có thể mở tệp PDB bằng cách đi tới File Explorer, bấm vào tab Xem, sau đó chọn tùy chọn hiển thị các tệp và thư mục ẩn. Khi bạn đã hoàn thành việc này, bạn sẽ có thể định vị tệp PDB mà bạn muốn xem. Các tệp PDB là một công cụ quan trọng đối với các nhà khoa học làm việc với các phân tử sinh học, vì chúng cho phép hiển thị và phân tích dữ liệu theo ba chiều. Do đó, hiểu cách mở và xem các tệp PDB là một kỹ năng quan trọng đối với bất kỳ ai làm việc trong lĩnh vực tin sinh học hoặc sinh học tính toán.
Tệp Ngân hàng Dữ liệu Protein (PDB) là các tệp phân tử ba chiều lưu trữ các cấu trúc phân tử. Bây giờ, nếu bạn đang tự hỏi làm thế nào để mở các tệp như vậy trên PC, thì bài đăng này sẽ khiến bạn quan tâm. Ở đây chúng ta sẽ thảo luận chi tiết về các tệp PDB và cách xem các tệp đó trong Windows 11/10. Vì vậy, không có gì khó chịu, hãy cùng xem thử!
Tệp Ngân hàng Dữ liệu Protein (PDB) là gì?
Ngân hàng dữ liệu protein (PDB) là cơ sở dữ liệu dữ liệu cấu trúc 3D cho protein, axit nucleic và các phân tử lớn khác. Tệp từ GDP Phần mở rộng tệp về cơ bản là một tệp chứa dữ liệu liên quan đến cấu trúc của phân tử sinh học 3D. Dữ liệu bao gồm tọa độ nguyên tử, cấu trúc nguyên tử, kết nối nguyên tử, cấu trúc protein, cấu trúc axit nucleic, v.v. Nó cũng chứa siêu dữ liệu thử nghiệm.
Định dạng tệp này được sử dụng rộng rãi trong tin sinh học để trao đổi tọa độ protein. Nó chứa hàng ngàn dòng mô tả cấu trúc của một loại protein. Bây giờ, nếu bạn muốn đọc hoặc xem các tệp PDB trên PC Windows, bạn cần sử dụng công cụ chuyên dụng của bên thứ ba vì không có ứng dụng gốc nào cho việc đó. Trong bài đăng này, chúng tôi sẽ thảo luận về các cách khác nhau để xem tệp PDB trong Windows 11/10.
Làm cách nào để xem tệp Ngân hàng Dữ liệu Protein (PDB) trong Windows 11?
Có hai cách để xem tệp Ngân hàng Dữ liệu Protein (PDB) trong Windows 11/10, đó là:
- Sử dụng phần mềm miễn phí để xem các tệp PDB.
- Hãy thử một công cụ trực tuyến miễn phí để đọc các tệp PDB.
1] Sử dụng phần mềm miễn phí để xem các tệp PDB.
Bạn có thể sử dụng phần mềm Windows của bên thứ ba cho phép bạn mở và xem các tệp PDB. Có một số ứng dụng máy tính để bàn miễn phí có sẵn cho Windows mà bạn có thể thử. Dưới đây là một số cái tốt bạn có thể sử dụng:
- IQmol
- Swiss-PdbViewer
- Cumol
- một phân tử
- RasMol
A] IKmol
IQmol là phần mềm trực quan hóa và biên tập phân tử mã nguồn mở và miễn phí dành cho Windows 11/10. Sử dụng nó, bạn có thể xem PDB cũng như nhiều tệp phân tử 3D khác như MOL, SMI, CUBE, XYZ, v.v. Trong phần mềm này, bạn có thể tìm thấy tất cả các công cụ trực quan hóa phân tử quan trọng. Những công cụ này bao gồm từ cơ bản đến nâng cao. Ngoài việc xem tệp PDB, bạn cũng có thể chỉnh sửa cấu trúc phân tử.
Nó cho phép bạn mở nhiều tệp PDB cùng lúc và xem tất cả chúng cùng một lúc. Trong bảng Chế độ xem mô hình, bạn có thể bật hoặc tắt hiển thị một hoặc nhiều tệp PDB.
Các đặc điểm chính của IQmol:
Các tính năng của trình xem tệp PDB mã nguồn mở và miễn phí này mà bạn có thể xem xét là:
- Bạn có thể tìm thấy tất cả các công cụ duyệt tệp tiêu chuẩn, bao gồm phóng to/thu nhỏ (bằng con lăn chuột), xoay, xoay, toàn màn hình, đặt lại chế độ xem, hiển thị các trục, v.v.
- Nó cho phép bạn tùy chỉnh giao diện của mô hình bằng cách chỉnh sửa các thông số như đổ bóng, ánh sáng xung quanh, độ khuếch tán, cường độ sương mù, vùng sáng, cường độ nhiễu, thông số POV-Ray, v.v.
- Bạn cũng có thể thêm các nhãn nguyên tử như khối lượng nguyên tử, điện tích riêng phần, NMR, mật độ spin, v.v.
- Điều này cho phép bạn tùy chỉnh cài đặt máy ảnh theo ý thích của mình. Bạn có thể điều chỉnh hình chiếu, vị trí của camera, v.v.
- có một thuận tiện xoay tự động một chức năng cho phép bạn tự động xoay mô hình phân tử.
- Bạn có thể lưu biểu diễn cấu trúc protein hiện tại ở định dạng hình ảnh như PNG, PPM, BMP, JPG, PS, EPS, v.v.
- Nó cũng cho phép bạn chuyển đổi PDB sang các tệp phân tử khác bằng tính năng 'Lưu dưới dạng'. Các định dạng đầu ra được hỗ trợ: XYZ, MOL, MOL2, CML, v.v.
- Bạn cũng có thể sử dụng nó Phép tính chức năng để tính toán năng lượng cấu trúc phân tử, lực, quét PES, trạng thái chuyển tiếp, dịch chuyển hóa học, hình học, năng lượng phân hủy, hiệu chỉnh BSSE, và như thế.
Ngoài các chức năng xem, bạn có một menu Build đặc biệt với một tập hợp các chức năng xây dựng phân tử. Các tính năng này bao gồm thêm nguyên tử mới, chèn phân tử mới, giảm thiểu cấu trúc, thiết lập đồng vị, v.v.
Đây là một phần mềm lập mô hình phân tử thực sự tốt mà bạn có thể trực quan hóa các tệp Ngân hàng Dữ liệu Protein trên PC của mình. Thích thì tải về từ đây .
Nhìn thấy: Chem4Word là một bổ trợ hóa học dành cho Microsoft Word. .
B] Swiss-PdbViewer
Swiss-PdbViewer là trình xem tệp PDB miễn phí đặc biệt dành cho Windows 11/10. Nó cho phép bạn hình dung và phân tích đồng thời nhiều cấu trúc protein. Bạn có thể phân tích cấu trúc protein, cấu trúc DNA, v.v. có trong tệp PDB. Ngoài tệp PDB, nó còn cho phép bạn mở và xem các tệp MOL và MMCIF.
Khi bạn mở tệp PDB, chế độ xem 3D sẽ được hiển thị trên giao diện cùng với cửa sổ bảng điều khiển. Bảng điều khiển chứa thông tin chung, danh sách và tiêu đề tệp. Bạn có thể dễ dàng di chuyển cấu trúc, xoay cấu trúc, phóng to/thu nhỏ, v.v.
Nó cũng cho phép bạn hiển thị hoặc ẩn bề mặt chấm, cơ sở, liên kết hydro, vectơ lực và hơn thế nữa theo sở thích của bạn. Bạn cũng có thể đánh dấu các phần khác nhau bằng các bảng màu khác nhau để phân tích cấu trúc tốt hơn. Ngoài ra, bạn có thể sử dụng các tính năng hiển thị như Kết xuất trong Solid 3D, Kết xuất POV, Nhãn hiển thị, v.v.
Ngoài các công cụ trực quan, bạn cũng nhận được rất nhiều tính năng mô hình hóa phân tử. Ngoài ra, nó còn có tính năng tính toán năng lượng, tính toán liên kết H, phân tích miền, phát hiện miền, tạo họa tiết 3D, xây dựng đối xứng tinh thể và các công cụ khác.
Bạn có thể tải xuống từ Trang web chính thức .
Đọc: Phần mềm phân tích điện năng miễn phí tốt nhất cho Windows 11/10.
C] Qmol
Cumol là một trình xem PDB miễn phí khác dành cho Windows 11/10. Nó là một công cụ trực quan hóa cấu trúc phân tử mà bạn có thể xem các tệp PDB. Các tệp khác bạn có thể mở và xem trong đó là DX, MAP, MTZ, CNS, v.v.
Nó cho phép bạn chuyển đổi giữa chế độ xem phối cảnh và chính tả, xoay mô hình, phóng to/thu nhỏ, v.v. Bạn có thể kết xuất mô hình bằng cách sử dụng POV-Ray và các phương pháp kết xuất hoạt hình của nó. Cấu trúc được hiển thị có thể được lưu ở định dạng PNG. Một công cụ đo cũng có sẵn cho phép bạn đo khoảng cách, góc và độ xoắn trong mô hình.
Bạn cũng có thể tìm thấy một số công cụ bổ sung để phân tích sâu hơn cấu trúc protein. Những công cụ này bao gồm Sự chồng chất phân tử, dao cắt bề mặt mol, tạo bề mặt mol, biên tập liên kết mol, phân tích tương tác, hoạt hình hình thái mol, và như thế.
Đây là một phần mềm tốt để trực quan hóa và phân tích cấu trúc protein có trong các tệp PDB.
Nhìn thấy: Tùy chọn .LIT # Làm cách nào để chuyển đổi LIT sang EPUB hoặc MOBI trên Windows?
màn hình xanh sau khi cửa sổ ngủ 10
D] Phân tử
Phần mềm xem PDB tiếp theo trong danh sách này là Molekel. Đây là một phần mềm hiển thị phân tử khá cũ nhưng mạnh mẽ cho phép bạn mở và xem các tệp PDB. Bạn có thể tìm thấy nhiều công cụ phân tích và trực quan hóa phân tử cho phép bạn phân tích cấu trúc protein.
Nó cho phép bạn tùy chỉnh hiển thị các phân tử, nguyên tử, liên kết, dư lượng, v.v. Bạn có thể chọn các kiểu hiển thị khác nhau cho từng loại, chẳng hạn như Ball & Stick, CPK, Hemisphere, SoSphere, Full Sphere, Cylinder, SoCylinder, Semixilanh, Wire, Stick, Linear Tape, v.v. Ngoài ra, bạn có thể điều chỉnh các thuộc tính của chế độ xem 3D, hiển thị/ẩn các hộp giới hạn, sử dụng trình đổ bóng, v.v. Nó cho phép bạn xem tệp PDB bằng cách thay đổi mật độ electron của bề mặt của cấu trúc và thêm một bề mặt có sẵn cho dung môi, vào cấu trúc.
bạn có thể tìm hoạt hình một chức năng trong đó để chơi hoạt hình của cấu trúc của phân tử. Nó cũng có một menu 'Phân tích' đặc biệt với các công cụ thích hợp. Sử dụng các công cụ phân tích, bạn có thể xác định dữ liệu lưới, mật độ quay, thế năng tĩnh điện phân tử, phổ phát xạ, khoảng cách, góc, v.v. cho một cấu trúc.
Nó cũng cho phép bạn chuyển đổi các tệp PDB sang các định dạng tệp khác nhau. Các định dạng này bao gồm PDF, PS, EPS và Hình ảnh. Nếu bạn thích nó, bạn có thể lấy nó Đây .
Đọc: Complete Anatomy App là một ứng dụng đáng tải xuống cho Windows. .
E] Rasmol
Bạn cũng có thể sử dụng RasMol để xem các tệp PDB trên Windows 11/10. Đây là phần mềm mã nguồn mở và miễn phí cho phép bạn hình dung và phân tích cấu trúc phân tử. Nó cũng hỗ trợ mở và xem các tệp khác như MOL, XYZ, CIF, MOPAC, v.v.
Nó cho phép bạn xem cấu trúc dưới dạng khung, sợi dọc, thanh, ruy băng, sợi, v.v. Bạn cũng có thể đánh dấu các phần khác nhau của cấu trúc bằng các màu khác nhau. Nó cũng cho phép bạn hiển thị hoặc ẩn các nguyên tử hydro, dị nguyên tử, bóng, nhãn, v.v. theo sở thích của bạn. Bạn cũng có thể đo khoảng cách, độ xoắn, góc và các giá trị khác trong một cấu trúc.
Phần mềm này có sẵn Đây .
Nhìn thấy: Phần mềm giải phẫu người 3D miễn phí tốt nhất cho Windows.
2] Hãy thử một công cụ trực tuyến miễn phí để đọc các tệp PDB.
Bạn cũng có thể sử dụng một công cụ trực tuyến miễn phí để mở và xem các tệp PDB. Tất cả những gì bạn phải làm là mở trang web trong trình duyệt web và tải xuống tệp PDB để xem. Dưới đây là một số trình xem PDB trực tuyến miễn phí tốt mà bạn có thể thử:
- RCSB PDB
- Molsoft
A] RCSB PDB
firefox kích hoạt tiện ích bổ sung trong duyệt web riêng tư
Bạn có thể sử dụng công cụ trực tuyến miễn phí này có tên là RCSB PDB để trực quan hóa các tệp Ngân hàng Dữ liệu Protein. Nó cho phép bạn nhập tệp PDB, sau đó trực quan hóa và phân tích cấu trúc phân tử của nó.
Bạn có thể tìm thấy một số tính năng trực quan hóa cơ bản như thu phóng, xoay, chuyển đổi chế độ xem cổng nâng cao, đặt lại máy ảnh, chuyển đổi chế độ lựa chọn, v.v. Nó cũng cho phép bạn điều chỉnh một số cài đặt hoặc tùy chọn kiểm soát như chế độ máy ảnh (phối cảnh hoặc chính tả), màu nền, bật /tắt. vô hiệu hóa tắc, bật/tắt sương mù, cắt, vị trí, v.v.
Nó đi kèm với sinh động chức năng. Sử dụng điều này, bạn có thể tự động xoay cấu trúc protein. Với điều này, bạn có thể điều chỉnh tốc độ và góc quay. Bạn cũng nhận được một chuyên dụng Đo đạc công cụ trong đó. Sử dụng công cụ này, bạn có thể tìm ra nhiều giá trị như khoảng cách, hướng, góc, v.v.
Ngoài các tính năng này, còn có một số công cụ hữu ích khác: tìm kiếm mô-đun cấu trúc, thêm các thành phần, xuất hoạt ảnh, xuất hình học (STL, OBJ, v.v.) và xuất mô hình.
Nói chung, đây là một trình xem PDB trực tuyến miễn phí thực sự tốt với một bộ công cụ trực quan tuyệt vời. Bạn co thể thử Đây .
B] Molsoft
Molsoft là một công cụ trực tuyến khác có thể được sử dụng để trực quan hóa cấu trúc PDB. Đây là trình xem tệp PDB đơn giản với các tính năng cơ bản. Đầu tiên, mở nó Trang mạng và nhấp vào tùy chọn menu ba làn. Sau đó, chọn tùy chọn 'Mở' để nhập tệp PDB được lưu cục bộ hoặc tải tệp lên từ Google Drive của bạn. Khi bạn chọn một tệp, nó sẽ hiển thị cho bạn cấu trúc phân tử trong trình xem.
Bạn có thể sử dụng các chế độ xem khác nhau để trực quan hóa cấu trúc. Các chế độ xem này bao gồm khung dây, creatine phosphokinase (CPK), bóng và thanh, ruy băng, v.v. Bạn có thể dễ dàng chuyển đổi giữa các chế độ xem này để phù hợp với yêu cầu của mình. Ngoài ra, nó cho phép bạn bật hoặc tắt nhãn nguyên tử, nhãn dư lượng, liên kết hydro và các vị trí để hiểu rõ hơn về cấu trúc.
Nó cũng cung cấp các công cụ đo lường. Bạn có thể đo khoảng cách, góc phẳng và góc xoắn trong mô hình. Ngoài ra, có sẵn chức năng Màu theo chức năng tiện dụng, cho phép bạn tô màu cấu trúc theo loại nguyên tử, chuỗi, căn chỉnh, cấu trúc thứ cấp, v.v.
Đây là một trình xem tệp PDB trực tuyến tốt khác mà bạn có thể dùng thử miễn phí.
Làm cách nào để tải xuống tệp PDB từ Ngân hàng Dữ liệu Protein?
Để tải xuống tệp PDB từ Ngân hàng Dữ liệu Protein, bạn có thể truy cập trang web Ngân hàng Dữ liệu Protein, nhập và tìm kiếm tên của protein hoặc đại phân tử, chẳng hạn như huyết sắc tố người, chitinase, v.v. Sau đó, chọn tệp từ kết quả tìm kiếm và sử dụng tùy chọn tải xuống để tải xuống tệp PDB. Đơn giản vậy thôi.
Làm cách nào để xem cấu trúc PDB?
Cấu trúc phân tử của PDB có thể được xem bằng công cụ trực tuyến chuyên dụng hoặc ứng dụng phần mềm. Bạn có thể dùng thử phần mềm miễn phí như IQmol, Swiss-PdbViewer và CueMol để trực quan hóa và phân tích cấu trúc PDB trên PC của mình. Nếu bạn thích sử dụng một công cụ trực tuyến, có rất nhiều tùy chọn. Ví dụ: hãy thử các dịch vụ web như RCSB PDB và Molsoft. Đây là những trình xem tệp PDB trực tuyến miễn phí cung cấp các công cụ phân tích và trực quan hóa phân tử tiên tiến.
Làm cách nào để chuyển đổi tệp PDB sang PDF?
Để chuyển đổi tệp PDB sang PDF, bạn có thể sử dụng ứng dụng máy tính để bàn miễn phí này có tên là Molekel. Nó cung cấp tùy chọn 'Lưu thành PDF' đặc biệt cho phép bạn chuyển đổi tệp PDB sang định dạng PDF. Bạn có thể mở tệp PDB rồi nhấp vào 'Tệp' > 'Lưu thành PDF' để chuyển đổi PDB sang PDF. Chúng tôi đã thảo luận chi tiết về phần mềm này trong bài đăng này, hãy kiểm tra nó ở trên.
Đó là tất cả.
Hãy đọc ngay bây giờ: Phần mềm lập mô hình phân tử miễn phí tốt nhất cho Windows.
